(一)选择合适的疫苗进行免疫
在肉鸡的免疫接种方面，疫苗的选择是非常关键的。养殖户应选择渠道供应的品牌疫苗;再者要根据本地疾病的流行特点来选择联苗还是单苗，采用何种接种方式、免疫剂量、接种方式以及免疫剂量的大小决定着对呼吸道黏膜的损害程度，另外，还必须重视免疫空白期的药物，不仅能够防止免疫空白期的病毒或细菌的入侵，还可以起到机体免疫力、抗体效价以及免疫反应的功效。此时用药一般采用抗病毒中药进行药物预防，并在免疫时适当添加疫苗保护剂，同时配合免疫增强剂来免疫效果。同时免疫前后应用一些抗菌药进行防治，以原本存在于呼吸道内的细菌，减少疫苗刺激而诱发呼吸道病。
(二)加强饲养管理
加强肉鸡的饲养管理，为肉鸡提供全价营养饲料，增加肉鸡的机体抵抗力，在免疫前后多补充营养，增加电解多维或速补，主要是起到抗应激的作用。使用药物的同时还特别要注意维生素A、维生素D3的使用，因为维生素A对呼吸道黏膜有强大的修复作用，采用维生素A、维生素D3辅助治疗呼吸道病是不可轻视的。
建议养殖户在舍内温度的同时利用中午气温高时加强通风，特别要勤清理粪便，用含碘制剂消毒剂和双链季胺盐的清毒剂交叉带鸡消毒。实践证明，良好的环境及带鸡消毒可舍内有害致病菌，鸡群，每2～3天消毒1次是的消毒频率，在使用消毒剂时要注意剂量过高或过低都达不到理想的消毒效果，鸡群发病后盲目增加消毒次数和加大使用剂量，有时会导致消毒效果更差。
(三)气雾给药
由于禽类气囊的特殊结构，肉鸡呼吸道病发生后，有时通过常规的用药途径，如注射、饮水、混饲等，吸收的药物很难在气囊内达到浓度，这也是气囊炎在临床上很难得到治疗的根本原因，因此在治疗此病时，建议使用药物的气雾给药方式进行治疗。因为气雾给药时，药物可以直接通过呼吸道到达并作用于气囊表面，其次选择通过个体肌肉注射给药，可使血液中药物浓度迅速升高，作用于气囊，从而产生良好的治疗效果。
(四)及早发现并对因治疗
肉鸡在传染性法氏囊或新城疫疫苗二免后容易起呼吸道的主要原因是疫苗反应，正常的疫苗反应是3~5天，而支原体和大肠杆菌是机体常在菌，这个时候机体抵抗力下降，很容易发生支原体或大肠杆菌。因此，对于疫苗造成的呼吸道疾病，可以在用完疫苗后适当使用一些治疗呼吸道的药物来预防，如果在用药后效果不理想，这个时候很有可能是在免疫时的疫苗量过大，对上呼吸道黏膜造成的损伤比较严重，此时要再用针对支原体和大肠杆菌的药物进行治疗，可采用中西药结合的治疗方法，中药采用止咳化痰、平喘解表和免疫力的药物。同时配合鱼肝油粉(维生素A、维生素D3)、维生素c饮水或拌料。
(五)合理选用药物
支原体、大肠杆菌等引起的肉鸡呼吸道病，日前治疗效果比较好的有泰乐菌素、强力霉素、罗红霉素、替米考星、氧氟沙星、阿米卡星、氟苯尼考等。由于抗菌素药耐药性的增加，导致病情复杂难以治疗，此时可适当采用联合用药。
有条件的一定要通过作药敏试验来选择药物，用药后个别呼吸道病未的，可肌肉注射阿米卡星，2~3天为一疗程。当有病毒感染时可采用干扰素、黄芪多糖、清瘟败毒等抗病毒药物和呼吸道药物联合治疗，连用3～5天。
