肉鸽疫病防控离不开合理的用药，与其他畜禽的养殖不同，肉鸽养殖基本很少会出现大规模死亡的现象。养殖肉鸽疫病防控遵循“预防为主、防治结合”预的原则，用药也要求合理，养鸽户可针对鸽群的不同情况实时用药，比较常见的合理用药方式可分为群体用药和个体用药。
群体用药主要目的在于稳定整个鸽群的状况，养殖户要结合自家养殖场鸽群的实际情况而定，通过观察出现疫病症状病鸽在鸽群的占比，选择是否使用群体用药。群体用药中比较方便的用药方式有饮水给药、保健砂给药、日粮饲料给药及外部用药等。给药时要特别注意药物的溶解度，给药时间、药物掺混是否均匀等，也要注意药物与保健砂、日粮的化学反应，避免药物失效及化学反应造成的不良后果等问题。
个体用药则主要针对有疫病症状的个体肉鸽，当鸽群某个个体肉鸽或小部分肉鸽出现某种疫病明显症状是，应将及时将病鸽隔离，及时确诊疫病，有针对性的对个体用药，个体用药包含：口服、注射等其他方法，口服用药时药剂量相对准确，比较有针对性，在为肉鸽塞填片剂、丸剂、胶囊等药物时要注意所放置的位置，并使用少量水帮助送服；注射用药则更适用某种急重病及预防接种的疫苗等，注射时需注意手法、位置、消毒和针头的规格等。
